La Fundación Líber Seregni está regida por un Consejo Directivo, integrado por referentes de los sectores políticos y personalidades vinculadas con la izquierda: Rodolfo Nin Novoa, José Mujica, Lucía Topolansky, Danilo Astori, Mónica Xavier, Javier Miranda, Eduardo Fernández, Enrique Rubio, Héctor Lescano, Eduardo Lorier, Rafael Michelini, Marcos Carámbula, Bethel Seregni, Alberto Roselli, Carmen Beramendi y Helena Heinzen.
El Director de la Fundación -Soc. Agustín Canzani- tiene a su cargo las tareas de gestión y decisiones cotidianas de la organización.
